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1. Oberste Wasserbehörde
Die oberste Wasserbehörde ist das Ministerium für Landwirtschaft,
Umwelt und Verbraucherschutz (LU) des Landes Mecklenburg-Vorpommern. Es ist Genehmigungsbehörde für die Gewässer erster Ordnung und die Landesdeiche. Es ist gleichzeitig Aufsichtsbehörde für den Landesverband der Wasser- und Bodenverbände.
2. Weitere Wasserbehörden
2.1 Staatliche Ämter für Landwirtschaft und Umwelt (StÄLU)
In Mecklenburg-Vorpommern gibt es vier Staatliche Ämter für Landwirtschaft und Umwelt (StÄLU) als untere Landesbehörden im Ressort des LU. Die StÄLU sind in enger Zusammenarbeit mit den Landräten und Oberbürgermeistern in ihren Amtsbereichen für den Vollzug bundes- und landesrechtlicher Vorschriften sowie Vorschriften der EU aus dem Bereich Landwirtschaft und Umwelt zuständig.
Die StÄLU sind dem LU direkt unterstellt und stellen für die Wasserwirtschaft die technischen Fachbehörden dar.
Für die Wasser- und Bodenverbände üben sie außerdem die Aufgabe der Bewilligungsbehörde für Zuwendungen des Landes im Bereich der
Unterhaltungsleistungen an Gewässern zweiter Ordnung aus.
2.2 Untere Wasserbehörden
Die Aufgaben der unteren Wasserbehörden sind den Landräten der Kreise und den Oberbürgermeistern der kreisfreien Städte
zugewiesen.
Sie üben das Genehmigungsrecht für die Gewässer und Anlagen zweiter Ordnung aus.
Die Landräte sind darüber hinaus die Rechtsaufsichtsbehörden der Wasser- und Bodenverbände.
2.3 Wasser- und Bodenverbände
Mit Wirkung vom 15. Juli 1992 wurden in Mecklenburg-Vorpommern per Gesetz flächendeckend 29 Wasser- und Bodenverbände
gegründet mit der Hauptaufgabe der Unterhaltung der Gewässer und wasserwirtschaftlichen Anlagen zweiter Ordnung sowie sonstiger Deiche. Gegenwärtig gibt es 27 Wasser- und Bodenverbände im Land, da
zwei Verbände fusionierten.
Die Wasser- und Bodenverbände sind Körperschaften des öffentlichen Rechts.
Die Aufteilung des Landes in Wasser- und Bodenverbände ist unabhängig von den politischen Grenzen der Landkreise nach
Wassereinzugsgebieten erfolgt.
Die Größen der Verbände umfassen jeweils zwischen 51.000 ha bis 130.000 ha.
Die Wasser- und Bodenverbände sind verbunden im Landesverband der Wasser- und Bodenverbände. Der Landesverband ist ebenfalls eine
Körperschaft des öffentlichen Rechts nach dem Wasserverbandsgesetz.

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